Дипломная работа — режиссерский дебют Никоненко — "Петрухина фамилия"
была высоко оценена жюри Международного фестиваля ВГИКа. В ней молодой молодой автор продемонстрировал умение работать с актером, тонко совмещать комичное и мелодраматическое, частное и всеобщее. «На режиссерский меня надоумил пойти Василий Шукшин. Я с ним познакомился, когда он ещё не был известен. У него иногда так складывались обстоятельства, что приходилось жить на вокзалах. А в нашей коммуналке была малюсенькая комната типа кладовки, в которой можно было поставить раскладушку. Иногда я звал Шукшина ночевать к себе. Это был удивительный человек» (Образ поэта не покидает меня до сих пор // На Арбате. 19 октября 1998).
Сергей Петрович всегда с теплотой вспоминает о встречах с Василием Шукшиным, который производил впечатление сумрачного человека — в низко надвинутой кепке, с глубоко посаженными глазами. Однако за этой внешностью скрывалась необычайно нежная душа. Общение с Шукшиным научило Никоненко главному — не судить о людях по внешности. В начале 1960-х годов, когда Шукшин ещё не был известным писателем и режиссёром, он часто появлялся на курсе, где учился Сергей Петрович. А в 1968 году Шукшин пригласил Никоненко на главную роль в картину «Странные люди», где тот сыграл Ваську Чудика. Роль была утверждена без проб. Особое место в режиссерской фильмографии Никоненко занимает фильм «Елки-палки», снятый по рассказам Василия Шукшина.